《妄想代理人》是今敏作為動畫導演唯一的電視動畫，與電影不同，一季的影集通常需要好幾個概念或故事線，才能讓觀眾投入長達六小時的故事，卻也不覺得膩。今敏雖然在過往電影與漫畫作品中，呈現不少高概念的故事型態，但通常只有一條故事線，於是像《妄想代理人》這種 12 集的群像劇，就能看出今敏豐沛的狂想以及鋪陳懸念的敘事能力。
《妄想代理人》幾乎每一集都能看作一部電影，有完整的概念（社會隱喻）、角色鋪陳與結局反轉，而串接起來也能是一個結構嚴謹的社會諷刺劇。每個角色環環相扣，正如同社會的齒輪一般，一個零件不動，就會釀成如「少年棒球」般駭人卻又救贖心靈的事件。
恐懼匯集而成的社會心病
在《妄想代理人》前篇的七集中，主要聚焦在尋找「少年棒球」事件的真兇，表面上是懸案推理，但從第一集開頭帶出社會每個人的負面情緒就知道，懸案只是包裝。
每一集要談的其實是忙碌的千禧年網路社會下，人性的醜惡，以及壓力過大的「恐懼」——因面對職場競爭而逃避的玩偶設計師鷺月子；從校園風雲人物變成人人喊打、因而嫉妒他人甚至心想毀滅他人的優等生鯛良優一；因精神分裂在妓女與研究助理之間擺盪，而瀕臨崩潰的蝶野晴美；黑白兩吃卻遭逢報復的警察蛭川雅美；著迷電玩而變成模仿犯的狐塚誠；因父親偷窺自己而受到心理創傷的蛭川妙子。
這些個人的恐懼，透過少年棒球事件，藉由媒體（八卦）的渲染，也逐漸累積成整個社會的心魔。
在第五集「聖戰士」後，影集指出現代社會的詬病來自個人恐懼造成的集體心魔，而能治療這個生病社會的，卻是最初人們害怕的少年棒球。第六、七集中，我們可以透過警察（豬狩慶一、馬庭光弘）的視角發現，少年棒球不再是個具象的恐懼，而是抽象的救贖。當恐懼與救贖都落在同一個「影子」上，人們不是變成失去目標的空殼，就是走向自我毀滅之路。
後篇的八到十集，劇情看似脫離主線，可自成獨立的恐怖動畫，但實際上延伸了身為具象恐懼與抽象救贖的「少年棒球」，對整個社會造成的心魔，包含自殺事件頻傳、流言造成更多悲劇、低沉的氣氛使個人壓力更為沉重。
而在第十集片尾，影集暗示了甜美「瑪洛美」所引發的黑暗面，並將其與少年棒球連結，兩個抽象物體——吉祥物與影子——被視為恐懼與救贖的一體兩面。若少年棒球是個人恐懼、社會恐懼、個人救贖的混合，那可愛的瑪洛美即是個人救贖（鷺月子）、也是社會救贖，那它是否會造成另一波社會恐懼？
苦痛地活著，才是生命的真諦
這個社會的恐懼依然要開始，人們依舊要繼續這些可怕事件的輪迴，既然無法避免，就要待之安之，只要堅守「信念」，就不會受到「少年棒球」的襲擊。
《妄想代理人》第十一集回歸了偵查少年棒球事件的主線，但兩個警察都因第七集的悲劇而辭職：一個墮入了自我建構的回憶世界，一個則是幻化成第五集遊戲角色的偵探，秘密尋找線索。而本集的受害人——警察慶一的老婆，卻以她弱小的體格擊退了讓無數人恐懼的少年棒球。
她的方法沒有別的，而是正視自己的恐懼，並努力與恐懼共處，她並非不相信救贖的力量，而是讓自己成為自己的救贖：在這個容易崩塌的社會，提著一身膽怯與堅定，危險地走下去。於是少年棒球不再是她的恐懼與救贖，她的信念是支撐她肉身與靈魂的唯一力量。
第十一集揭露了少年棒球事件的唯一解藥，就是面對自己的恐懼，只是要能「面對」談何容易。第十二集就透過鷺月子被馬庭光弘揭發真相後逃往慶一回憶世界，揭露了瑪洛米與少年棒球的真相。
原來這兩個抽象形體都是鷺月子的「詛咒」——因無法面對愛將死而設下的人生詛咒——綑綁了自己、施加了恐懼、召喚出集體的心魔瑪洛米與少年棒球。它們把人性所有恐懼都揭露出來，對於追求財富名利的恐懼、對於追求性愛與美好家庭的害怕、對於追逐幸福與美好過往的惶恐。最後兩者合體成黑色煙霧，吞沒了城市、人類以及整個社會的恐懼。
第十三集逃亡回憶世界的鷺月子、豬狩慶一雖遠離了塵囂，卻仍舊無法解開心中的結，鷺月子悲痛的過往、慶一對於老婆的愧疚，然而當心中的結正出現在你面前，向你吶喊，身為有心、有情感的人只能面對。
「沒有歸宿才是真正的歸宿！」豬狩慶一在打破回憶世界時喊了這一句，傳達了本片的核心價值，也是慶一老婆能戰勝「少年棒球」的信念——美好的歸宿是假的，唯有苦痛地活著，在忙碌、黑暗、勢利的社會中步步驚心地活著，才是生命最自然的路。於是主人公擊退了黑色煙霧，卻沒有像英雄一般被眾人愛戴。
東京依然是那個忙碌的城市，人們一樣帶著負面語氣活著，新的吉祥物在電視上風靡人心，只是查明真相的馬庭光弘變成新的預言者，開始了新的「夢吿」。
將「愛」昇華成可貴信念
後三集為前面七集的懸案作了一個漂亮的收尾，把小案變成整個社會的大案，再變成末日般的災難，最後再透過主角的「信念」完美解決災難。本片結局也沒有淪為英雄式「happy ending」，而是透過懸念，去陳述「輪迴」的不可避免。
後三集甚至包含了今敏其他電影結尾的元素：《藍色恐懼》的面對自己、《千年女優》的不斷輪迴、《東京教父》的愛之奇蹟、《盜夢偵探》虛實對決。《妄想代理人》不論在形式與內容上，都可以說是今敏集大成，它依舊挖掘社會的黑暗、暴力（金錢、性、權力），也透過概念式角色重塑「愛」的必要性。
這份「愛」的描繪並不膚淺，而是在複雜的情況反襯主角純粹的愛，並將之做為對抗黑暗與暴力的最大武器。
